XII Первенство России среди клубов КФК прошло в 2003 году в два этапа. В зональных соревнованиях участвовали все клубы участники МРО (межрегиональных футбольных объединений), а финальный этап проводился среди победителей зональных первенств. Победителем финального этапа соревнования стал нарткалинский «Аруан», второе место занял ФК «Обнинск», а третье «Алла-Л» Лобня (Лобня).
Дальний Восток
Итоговая таблицаИ — игры, В — выигрыши, Н — ничьи, П — проигрыши, Мячи — забитые и пропущенные голы, ± — разница голов, О — очки
Сибирь
Группа А
Итоговая таблицаИ — игры, В — выигрыши, Н — ничьи, П — проигрыши, Мячи — забитые и пропущенные голы, ± — разница голов, О — очки
Бомбардир: Андрей Шеменев («Распадская» Междуреченск) — 11
Группа Б
Итоговая таблицаИ — игры, В — выигрыши, Н — ничьи, П — проигрыши, Мячи — забитые и пропущенные голы, ± — разница голов, О — очки
Бомбардиры: Николай Шабалин («Динамо-2» Барнаул — 12
Финальные игры
Матчи за 11-е место: Полимер (Барнаул) — Зенит (Иркутск) — 10:0, 1:3 Матчи за 9-е место: СибОВВ (Кемерово) — СКА-Забайкалец (Чита) — 4:3, 0:3 Матчи за 7-е место: Динамо-2 (Барнаул) — Атом (Железногорск) — 2:2, -:+Финальная группа (за 1 — 6 места)
И — игры, В — выигрыши, Н — ничьи, П — проигрыши, Мячи — забитые и пропущенные голы, ± — разница голов, О — очки
Урал и Западная Сибирь
Итоговая таблицаИ — игры, В — выигрыши, Н — ничьи, П — проигрыши, Мячи — забитые и пропущенные голы, ± — разница голов, О — очки
Приволжье
Итоговая таблицаИ — игры, В — выигрыши, Н — ничьи, П — проигрыши, Мячи — забитые и пропущенные голы, ± — разница голов, О — очки
Золотое кольцо
Итоговая таблицаИ — игры, В — выигрыши, Н — ничьи, П — проигрыши, Мячи — забитые и пропущенные голы, ± — разница голов, О — очки
Северо-Запад
Итоговая таблицаИ — игры, В — выигрыши, Н — ничьи, П — проигрыши, Мячи — забитые и пропущенные голы, ± — разница голов, О — очки
Лучшие бомбардиры:
Черноземье
Итоговая таблицаИ — игры, В — выигрыши, Н — ничьи, П — проигрыши, Мячи — забитые и пропущенные голы, ± — разница голов, О — очки
Бомбардир: Васильев («Факел-Воронеж-2») — 16
ЮФО
Итоговая таблицаИ — игры, В — выигрыши, Н — ничьи, П — проигрыши, Мячи — забитые и пропущенные голы, ± — разница голов, О — очки
Центр
Московская область
Группа «А»
Итоговая таблицаИ — игры, В — выигрыши, Н — ничьи, П — проигрыши, Мячи — забитые и пропущенные голы, ± — разница голов, О — очки
Бомбардир: Сергей Артемов («Шатура» / «Алла-Л» Лобня) — 32 (17 / 15)
Группа «Б»
Итоговая таблицаИ — игры, В — выигрыши, Н — ничьи, П — проигрыши, Мячи — забитые и пропущенные голы, ± — разница голов, О — очки
Москва
Итоговая таблицаИ — игры, В — выигрыши, Н — ничьи, П — проигрыши, Мячи — забитые и пропущенные голы, ± — разница голов, О — очки
Игры за 1 место в зоне Центр:
Алла-Л (Лобня) — Алмаз (Москва) — 3:0, 4:2Финальный турнир
Место проведения — Азов (12 — 22 октября)
Итоговые таблицыГруппа А
В — выигрыши, Н — ничьи, П — проигрыши, Голы — забитые и пропущенные голы, ± — разница голов, О — очки
Группа B
В — выигрыши, Н — ничьи, П — проигрыши, Голы — забитые и пропущенные голы, ± — разница голов, О — очки
Группа C
В — выигрыши, Н — ничьи, П — проигрыши, Голы — забитые и пропущенные голы, ± — разница голов, О — очки
Финальная группа
В — выигрыши, Н — ничьи, П — проигрыши, Голы — забитые и пропущенные голы, ± — разница голов, О — очки
* матчи предварительного этапаза 7 — 9 места
В — выигрыши, Н — ничьи, П — проигрыши, Голы — забитые и пропущенные голы, ± — разница голов, О — очки
Финал Кубка России. III дивизион
Место проведения — Обнинск. Соревнования прошли с 13 по 18 сентября
Группа А
Группа В
Финал
«Обнинск» — «Алмаз» (Москва) — 3:1